杨若林

杨若林

一、基本情况

　　杨若林 ，男，1978年1月出生，湖南长沙县人，教授，博士生导师。1999年本科毕业于兰州大学生物化学专业；2002年硕士毕业于兰州大学细胞生物学专业。2002年至2005年任教于上海大学生命科学院。2005年到2008进入中科院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室攻读博士学位，研究方向为比较和进化基因组学。2009年至2011年8月在中科院遗传和发育生物学研究所分子发育生物学国家重点实验室从事进化－发育相关的博士后研究工作。2011年8月到2014年6月，在美国亚利桑那大学植物学系以博士后研究助理身份独立开展植物比较和进化基因组学、基因组学和表观遗传学等研究工作。2014年8月作为西北农林科技大学高层次引进人才，被聘为教授。

二、研究方向

　　1. 比较和进化基因组学研究 2. 植物基因组和转录组学研究 3. 基因选择性剪切的适应性进化 4. 生物信息学（文本挖掘技术在生物数据整合中的应用） 5. 生物信息学（基于序列的基因表达模式分析）

三、开设课程和研究生培养

　　拟承担本科生遗传学或群体遗传学等相关的教学课程。拟为研究生开设分子进化与系统发育等相关的学术讨论课。

　　招生和研究生培养理念： “生命在于不断冲破难关，探索未知。”这是我们实验室的宗旨。实验室将坚持宁缺勿滥的原则，招收真正热爱科学，爱思考，对进化生物学有强烈兴趣，有扎实基础知识的学生。特别欢迎具有良好数学，计算机，物理学和信息科学等非生物学科背景且对生物学感兴趣的同学。希望每一位有兴趣报考或报送的同学较早时候即与本实验室联系。我们将进行认真的交流，讨论双方是否有共同的科研兴趣，以免耽误考生时间和错过其他机会。研究生培养目标是：使你们将来成为具有独立思考和批判精神，严谨治学态度，高超解决能力的优秀科学家。本实验室计划在每年招收硕士生0-2名，博士生0-2名。欢迎对进化生物学，基因组学，生物信息学感兴趣的大学本科同学来实验室参观讨论学习，共同进步！ Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution!

四、学术成果

　　Xin M*, Yang R*, Li G, Chen H, Laurie J, Ma C, Wang D, Yao Y, Larkins BA, Sun Q, Yadegari R, Wang X, Ni Z. (2013) Dynamic Expression of Imprinted Genes Associates with Maternally Controlled Nutrient Allocation during Maize Endosperm Development. Plant Cell. Sep 20. [Epub ahead of print].

　　(*: equal contribution) Yang R*, Jarvis DE*, Chen H, Beilstein MA, Grimwood J, Jenkins J, Shu S, Prochnik S, Xin M, Ma C, Schmutz J, Wing RA, Mitchell-Olds T, Schumaker KS, Wang X. (2013) The Reference Genome of the Halophytic Plant Eutremasalsugineum. Frontiers Plant Sciences. 4: 46.

　　(*: equal contribution) Yang R, Wang X. (2013) Organ evolution in angiosperms driven by correlated divergences of gene sequences and expression patterns. Plant Cell. 25 (1): 71-82.

　　Yang R, Dai Z, Chen S, Chen L. (2011) MicroRNA-mediated gene regulation plays a minor role in the transcriptomic plasticity of cold-acclimated zebrafish brain tissue. BMC Genomics. 12: 605.

　　Yang R, Su B. (2010) Characterization and comparison of the tissue-related modules in human and mouse. PLoS ONE. 22;5 (7): e11730.

　　Han L*, Yang R*, Su B, Zhao Z. (2008) An SVM-based algorithm for classifying promoter-associated CpG islands in the human and mouse genomes. Lecture Notes in Artificial Intelligence (LNAI). 5227: 975-81.

　　(*: equal contribution) Yang R, Kong J, Wu X, Deng Z, Chen Q, Liu W. (2005) Application of ISSR markers in genetic polymorphism of Capsicum frutescens L. Journal of Shanghai University (Natural Science). 11: 423-6

　　Xin M*, Yang R*, Yao Y, Ma C, Peng H, Sun Q, Wang X, Ni Z. (2014) Dynamic parent-of-origin effects on small interfering RNA expression in the developing maize endosperm. BMC Plant Biology. 14(1):192.

　　(*: equal contribution) Li G*, Wang D*, Yang R*, Logan K, Chen H, Zhang S, Skaggs MI, Lloyd A, Burnett WJ, Laurie JD, Hunter BG, Dannenhoffer JM, Larkins BA, Drews GN, Wang X, Yadegari R. (2013) Temporal patterns of gene expression in developing maize endosperm identified through transcriptome sequencing. PNAS. 111(21):7582-7.

　　(*: equal contribution) Yang R, Su B. (2009) Modular organization in a cell: concepts and applications. Current Bioinformatics. 4: 207-217

　　Yang R, Chen H, Wang X. Distinct dynamics of transposable elements in the genome evolution of salt-tolerant and salt-sensitive Brassicaceae species (in preparation).

　五、联系方式通讯地址

　　西北农林科技大学生命科学学院，陕西杨陵，712100 实验室：生命科学学院综合楼D407

　　电子邮件：yang_ruolin@Hotmail.com desert.ruolin@gmail.com

　　实验室网站：http://desertruolin.wix.com/ruolin